课程介绍

助教：
- 王子轩
- 谢璐瑶
课程内容（不全版）
1. R和python基础
2. 使用R语言中的DESeq2包做基因差异表达分析，ggplot2绘制火山图、热图
3. 使用MEGA构建不同物种的系统发育树
4. 使用pyMol可视化蛋白质结构，分析结构和功能的关系
5. kmer法探究基因kmer分布，获得序列向量进行聚类和分类
本人的一些链接
- 个人博客
- csdn
  - 对于编程比较感兴趣/记忆力不太好的同学推荐使用博客记录自己学习内容
    - csdn/简书/自己搭网站
- github

基础概念

python
- 编程语言
- 解释器，用来发挥
pycharm/vscode
- 编辑器，开发工具，提供敲代码的界面
python包
- numpy pandas pytorch
- 第三方包
anaconda/conda
- 包管理工具，管理不同的项目和环境

环境的配置

对于不同的项目，我们一般在命令行使用conda配置不同项目的环境，这样python解释器的版本和第三方包的版本就是相互独立的

然后再使用开发工具开发

安装anaconda

博客：Anaconda安装（2024最新版）

anaconda官网

anaconda官网清华镜像

安装步骤
1. 一路next
2. 安装路径最好是写d盘（默认c盘）
  1. d盘创建一个文件夹 D:/anaconda3 or D:/software/Anaconda3
    1. 按自己习惯
    2. 路径上最好不要有中文
  2. 这样好找且不浪费c盘空间
3. 勾选上第二个默认安装一个python版本3.11/3.12
等待一段时间

配置anaconda环境

更改系统环境变量
- 电脑搜索“环境变量”/“查看高级系统设置” -> “环境变量”
- Path->编辑->新建
- 要根据自己的安装路径来

D:\Anaconda3
D:\Anaconda3\Scripts
D:\Anaconda3\Library\bin
D:\Anaconda3\Library\mingw-w64\bin
D:\Anaconda3\Library\usr\bin

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conda --version # 查看conda版本
python # 打开python环境
print("hello world")

anaconda换源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
 
//设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes

修改默认虚拟环境安装位置，以后配置conda环境好找
- “D:\software\anaconda\envs”这部分根据自己的来

1	conda config --add envs_dirs D:\software\anaconda\envs

可能出现的问题，出现文件权限的问题的时候
- 全部钩上允许

conda常用命令

D:\software\anaconda\envs

1.查看当前conda版本

1 2	conda -V conda --version

conda对虚拟环境的管理

查看已有的虚拟环境列表

conda info --envs
conda info -e
conda env list
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创建虚拟环境

conda create -n test python=3.11

# -n也可以使用--name，python368是创建的新虚拟环境的名称
# python= 后面是指定虚拟环境中python的版本号
# 可以使用命令conda search python搜索有哪些可安装的python版本
# 可以加入-y，则创建过程中不用再输入y确认安装包
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3.激活 / 切换虚拟环境

1	conda activate test

4.退出虚拟环境

1	conda deactivate

安装pycharm

2024最新版PyCharm安装使用指南

pycharm官网

安装社区版

下载在d盘上面

创建项目

配置python解释器

安装vscode

d盘创建一个vscode

课后总结

编程这块大家有问题多百度，报错是很正常的，不用怕。

今天上课的内容对0基础的大家来说其实难度很大了，能按流程做下来的同学已经很厉害了，这一套下来一般自己瞎鼓捣得一个礼拜，我自己也是编程了一年多后才能慢慢理清这些。

学会了这块之后，后面进行python生信分析。对每一个项目，创建好项目文件夹，创建好conda环境，就可以用pycharm打开文件夹开始运行代码了

因为课程时间限制，我们对python的基础就只有这一节课的时间讲。用vscode的同学、对python的数据分析和语法感兴趣的同学可以去b站找视频看。计算机不像生化环材，技术迭代块，学校里一般教的比较落后，我本科都是靠自学，网上开源的教程质量都很不错。

写博客的语法是markdown，生物信息专业的同学推荐学习一下，学会了还可以用来水98

我们先前打开的anaconda prompt和vscode里面打开的终端是一个东西，mac里叫命令行，windows叫cmd。

在这里可以创建conda环境，安装新的包。

安装新的包也可以在pycharm里点点添加，后续会讲

对编程、机器学习、深度学习感兴趣的同学有问题可以私信找我或者➕v