园艺 和 单细胞多组学

Application of single-cell multi-omics approaches in horticulture research

introduction

  • Cell heterogeneity controls
    • plant cell differentiation 细胞分化
    • metabolic partitioning 代谢分配
    • environmental response 环境相应

这些控制都是在single-cell resolution（分辨率）下characterize的

现在的tech可以让多组学对 isolated single plant cells进行analyze 来dissect intercellular regulatory mechanisms

这些单细胞多组学技术适合 clarify the development of horticultural plants和uncover intercellular regulatory mechanisms

单细胞多组学发展

  • Table1 总结了很多plant中的单细胞多组学研究文章

    • 先根据不同的omics分
    • 然后根据使用的测序的protocol分
    • 再列出其中研究过的物种、器官/组织
      • Arabidopsis 拟南芥
      • Maize 玉米
      • Medicago 苜蓿
      • Soybean 大豆
      • Brassica rapa 芜菁（白菜的一种）
      • Litchi 荔枝

  • 转录组学

    • 因为细胞壁的存在导致单个植物细胞难以分离，scRNA-seq不好用
    • 所以是snRNA-seq（single-nucleus RNA sequencing）提供了办法，提取细胞核中的RNA
  • 表观遗传组学
    • DNA methylation, chromatin accessibility, histone modifications, and 3D genome structure
    • 介绍了一些不同的技术
  • 蛋白质组学
    • 对蛋白质组和翻译后修饰post-translational modifications (PTM) 进行解析