之前写过的一片博客【Human Genetics】Link analysis、GWAS

关于GWAS、连锁分析的部分都会写在这里

连锁不平衡

连锁不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）是指分属两个或两个以上基因座的等位基因，其同时出现在一条染色体上的几率高于随机出现的频率。即①只要两个基因不是完全独立遗传，就会表现出某种程度的连锁。连锁不平衡可以发生在同一条染色体上的不同区域，也可以是不同染色体上的。

一般来说研究会去除连锁不平衡
- 过滤$r^2$大于某个值的位点

连锁不平衡以及连锁不平衡衰减

这两个内容不矛盾吗

1）物种类型LD存在的本质是两个位点的连锁遗传导致的相关性。但这种相关性理论上会随着世代的增加、重组次数的增加而不断下降。所以，那些繁殖力强、时代间隔短的物种（例如，昆虫），其LD衰减的速度是非常快的。例如在家蚕和野蚕群体中，LD系数下降到最大值的1/2仅仅需要46bp和7bp的距离[3]。

2）群体类型相同物种的不同群体，由于其遗传背景不同，LD衰减速度也存在很大的差异。驯化选择，会导致群体遗传多样性下降，位点间的相关性（连锁程度）加强。所以，通常驯化程度越高，选择强度越大的群体，LD衰减速度是最慢的。例如，栽培稻比野生稻通常更大的LD衰减距离。类似的，自然选择、遗传漂变导致的群体遗传多样性下降，也会减慢LD衰减的速度。

第一个指的是不同的物种，物种里面的。第二个是对于同个物种不同群体说的，一般我们都是讨论第二种情况，所以别被搞混了

1. 物种层面的连锁不平衡（LD）衰减

连锁不平衡（LD）存在的本质是两个位点的连锁遗传导致的相关性。随着世代和重组次数的增加，这种相关性会不断下降。因此，繁殖力强、世代间隔短的物种（如昆虫）的LD衰减速度非常快。例如，在家蚕和野蚕群体中，LD系数下降到最大值的1/2仅需要46bp和7bp的距离。
- 物种特性影响LD衰减速度： 高繁殖率和短世代时间意味着重组事件更频繁，导致LD迅速衰减。
- 重组频率的作用： 更多的重组机会打破等位基因之间的连锁，使得它们更快地独立遗传。

2. 群体层面的连锁不平衡（LD）衰减

相同物种的不同群体，由于遗传背景不同，LD衰减速度也存在较大差异。驯化选择会导致群体遗传多样性下降，位点间的相关性（连锁程度）加强。因此，通常驯化程度越高、选择强度越大的群体，LD衰减速度越慢。例如，栽培稻比野生稻的LD衰减距离更大。类似地，自然选择和遗传漂变导致的群体遗传多样性下降，也会减慢LD衰减速度。
- 群体特性影响LD衰减速度： 驯化、选择和遗传漂变等因素减少了群体的遗传多样性，减少了有效重组次数，从而减缓了LD衰减。
- 遗传多样性与LD的关系： 遗传多样性越低，等位基因之间的独立性越差，LD保持时间越长。

为何两者不矛盾
1.层次不同：